Prvá písomná zmienka o evanjelickej a.v. cirkvi v Petržalke je z roku 1684. Ale samostatne zbor nemá veľkú tradíciu. Zväčša bol fíliou evanjelickej a.v. cirkvi v Bratislave alebo v rakúskom Deutsch Jahrndorfe.
Vlastná história, ktorá siaha do dnešných dní, sa začala písať v roku 1968 príchodom farára Jozefa Juráša. Až do roku 1994 zbor pôsobil v provizórnych podmienkach. Jeho novodobá história sa začala dynamicky rozvíjať príchodom Miloša a Oľgy Klátikovcov, ktorí iniciovali a so zborom zrealizovali výstavbu kostola (1991-1994), podľa projektu Ing. arch. Júliusa Baláža.
30.októbra 1994 kostol sv. Trojice v Petržalke vysvätil biskup ZD ECAV Mgr. Ivan Osuský za prítomnosti mnohých domácich aj zahraničných hostí, ktorí významnou mierou prispeli k výstavbe celého zborového centra.